Системный кризис в аграрном производстве России возник в известной мере и на «фундаменте» ряда сопутствующих трансформационному процессу проблем методического характера. К числу наиболее существенных из них можно отнести по меньшей мере шесть основных, включая:

• дефицит методических средств для разработки бизнес-проект планов, позволяющих хозяйствующему в аграрной сфере субъекту правильно ориентироваться в экономическом процессе и принимать выигрышные решения при максимальной неопределенности и неустойчивости условий функционирования сельскохозяйственного предприятия;
• отсутствие адекватных специфике переходной экономики способов выбора сбалансированного соотношения факторов аграрного производства в триаде «земля–труд–капитал», в том числе и за счет вывода из хозяйственного оборота и консервации избыточной на современном этапе части земельных ресурсов;
• отсутствие научно–обоснованной альтернативы механическому тиражированию методов определения рыночной цены земли сельскохозяйственного назначения, пригодных для сформировавшейся рыночной экономики и несостоятельных для еще не сложившейся депрессивной переходной экономики;
• отсутствие процедур корректного дифференцированного исчисления для земельной собственности ее налогооблагаемой базы, стартовых цен для аукционной продажи, залога, денежного эквивалента величины земельного паевого взноса в уставной фонд совместных предприятии и др.;
• дефицит методических процедур оценки сравнительной экономической ценности конкретных участков землепользования хозяйства для осуществления обоснованной внутрихозяйственной социально–распределительной, компенсационной, агротехнологической, мелиоративной, природоохранной политики;

Задача разрешения проблемной ситуации в методическом обеспечении реформируемого аграрного сектора: систематизировать существующие методические проблемы, установить их логическое соподчинение, «построить» на этой основе общую схему комплексной многоцелевой оптимизации и представить в едином методическом комплексе научно–обоснованное содержание принципов, положений, приемов и процедур решения практических задач рациональной организации производства и землепользования сельскохозяйственных предприятий.